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カテゴリ:タンパク質( 6 )
Caver

活性部位までの穴を予測するソフト

d0058690_18303224.gif蛋白質の座標ファイル(PDBファイル)を渡して、開始地点を設定すると、その地点から蛋白質の外側までの道筋を探索してくれるソフト。単独でも動くが、PyMOLのプラグインとして利用できるため、美しいグラフィックを得ることができる。MDシミュレーションと組み合わせて、複数の座標を入力してやれば、結晶構造からは分からない隠れた穴を見つけることもできる。

【 作者 】 Petřek Martin, Otyepka Michal, Banáš Pavel, Damborský Jiří
【 URL 】 http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver/index.php
【 対応OS 】 Windows, Linux
【 ソフト種別 】 フリーソフト

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by tool_collector | 2006-12-25 18:34 | タンパク質
CODE bioFOX

ブラウザ上のバイオインフォマティクスツール

d0058690_12302642.gifFirefoxにバイオインフォマティクス関係のツールを付け加えるユニークなツールだ。インストールすると、Ctrl + Shift + F キーを押すとメニューが現れるので、すべての操作はこのパネルで行う。使うときには、ブラウザの画面上の文字を選択した後に、行いたい操作をメニューから選択すれば実行することができる。例えば、適当なアミノ酸配列を選択した後に、「Hydropaty Plot」というボタンをクリックすると、あっという間にグラフを描画してくれる。
このツール自体が計算を行うわけではなく、選択した文字を適切なホームページへのクエリとして送信する働きをしているようだ。
特に凝ったツールではないが、通常このような操作を実行するには、1.該当の機能をもつホームページを訪ねて、2.フォームの入力画面に行き、3.解析を行いたい配列をコピーして貼り付けて、4.送信。という手間がかかるが、このツールがあれば、一発で済む。それほど、強力というわけではないが、あって損はないツールだと思う。

具体的に行える操作は左図(クリックすると拡大)で参照のこと。

【 作者 】 Saleem Mohammed
【 URL 】 http://schematron.unl.edu/biofox/contact.html
【 対応OS 】 FirefoxかMozillaに機能を追加するものなので、どちらかが必要。OSはLinux、Windows、Machintosh
【 ソフト種別 】 フリーソフト

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by tool_collector | 2006-03-23 12:46 | タンパク質
Chimera

高機能タンパク質表示ソフト

d0058690_18193776.gif何でもできる非常に高機能なソフト。コマンドラインでもメニューによる選択でもどちらでも操作が可能。残基などの選択の方法も非常に多彩で、RasMolよりもはるかに便利だ。ただ、あまりにも機能が多いので、最初はとっつきにくい。ただ、メニューは整理されているので、特に探し回ることもなく直観的に使える。出力画像のレベルはまあまあ。美しい画像を出力するには、自分で細かく設定しなければならないので、普通の人は、他のソフトで作成した方がいい気がする。Windowsへのインストールはとても簡単。ダウンロードしたファイルをダブルクリックするだけでよい。
【特徴的な機能】
d0058690_1893875.gif 1.ClustalWでアライメントした結果ファイルの読み込みなど、非常に多彩なファイルを読み込むことができる。
2.PDB番号を指定することで、自動的に座標ファイルをダウンロードして読み込んでくれる。
3.立体構造の重ね合わせは、アミノ酸配列のアライメントを元にCα炭素のr.m.s.dが最小になるように構造のアライメントを行う。 重ね合わせを実行すると、同時に配列アライメントの結果を表示することもできる。さらに、配列ウィンドウから、PROSITEのパターン検索を行うこともできる。

【 作者 】 UCSF
【 URL 】 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
【 対応OS 】 Windows, Linux, Mac OS X, SGI IRIX, HP Tru64 Unix.
【 ソフト種別 】 フリーソフト


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by tool_collector | 2005-07-08 18:27 | タンパク質
COOT

タンパク質モデリングソフト

d0058690_20522579.gif基本的にはLinuxベースのOSで動くソフトで、実はWindows版は試していないのでWindows版がどうなのかは良く分からない。しかし、Linux版を試した感じではとても使いやすい。基本的にグラフィックの美しさは追求していないので解析専門ソフトと考えてよい。特徴的なのが、モデルを組むときにクリックして分子をつかむと、うにょ~っといった感じに電子密度図に合わせて移動していく動きだ。実際に見てみないとイメージが沸きにくいが、ゴムをひっぱるような感じでモデリングができるのだ。新しい感覚でおもしろい。画面の移動も非常に操作性がよく、マウスクリックで目的の残基に簡単に移動できる。これほど移動がしやすいソフトはなかなかないだろう。タンパク質の重ね合わせも簡単にできる。単に重ねあわせたい分子を読み込んでSPBボタンをクリックするだけだ。ちなみに重ね合わせは、アミノ酸の相同性を利用しているらしい。

【 作者 】 Paul Emsley
【 URL 】 http://www.chem.gla.ac.uk/~bernhard/coot/wincoot.html
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


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by tool_collector | 2005-06-22 21:03 | タンパク質
CCP4mg

高機能なタンパク質描画ソフト

d0058690_20225779.gif基本的にはタンパク質の描画ソフトと思っていい。ただし、通常のソフトに較べてかなり高機能な上に、かなり画像が美しい。最も特徴的な機能を3つ挙げるならば、まず電子密度図を表示できること、タンパク質の重ね合わせができること、アニメーションが作成できること、以上が挙げられる。タンパク質の重ね合わせは、アミノ酸配列の相同性を利用したものではなく、2次構造の相同性を利用しているので、結構本格的に使える。また、画像の出力についてだが、POVRAYのスクリプトファイルを出力することができるので、そのままでも美しいがさらに美しい画像を作成することもできる。ただし、POVRAYを出力するのは、ものすごい時間がかかる。また、スクリプトファイルは短いタンパク質であっても数百MBの大きさになるので、まともに出力しようとしたら1晩パソコンを動かしっぱなしなのを覚悟せねばならないだろう。

インストール方法は非常に簡単。Windows上でも、問題なくサクサク動いてくれる。チュートリアルが用意されているので、それを見ながら実行すれば、大体の操作は理解できる。ここでは、簡単にムービーの作成のポイントだけを紹介する。作成するムービーは回転するアニメーションとする。
ApplicationのMovieをクリックすればムービー作成画面が出る。initial viewのところはCurrentにして、final viewのところはApply rotation/transition..にする。後は、例えばXのRotationを360に設定する。で、Recordボタンをクリックすると、pngイメージが次々作成される。本当は、この後、Compileボタンをクリックすると、勝手にGifアニメーションになるはずなのだが、ImageMagicという画像ソフト(ImageMagicについてはこちらを参照)をインストールしていないと作成してくれない。しかも、Windows版のImageMagicではきちんと連携してくれないので、Gifアニメーションにする際には、ImageReadyを使うか、改めてImageMagicを起動してアニメーションにする必要がある。ちょっと、不備はあるものの、自由に動きを設定できるので非常に使い勝手はいい。

また、小技なのだが、いちいち深い階層のフォルダに行くのは大変なので、メニューのFileの下のProject Directoriesをクリックして、プロジェクトディレクトリーに、よく使うフォルダを登録しておくと、簡単に任意の階層にアクセスすることができるようになる。頻繁に使うフォルダがあるのなら登録しておくと便利だ。

今まで、簡単に使えて美しいソフトというとPyMOLが有力であったが、このソフトの登場により新しい選択肢ができたといってもいいだろう。

【 作者 】 CCP4 program
【 URL 】 http://www.ysbl.york.ac.uk/~ccp4mg/
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


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by tool_collector | 2005-06-22 20:41 | タンパク質
PyMOL v0.98

非常に美しいタンパク質描画ソフト

d0058690_19435153.gifタンパク質描画ソフトは数多くあるが、美しくて操作の簡単なソフトと言われたら間違いなくこのソフトを挙げることができる。特にこのソフトのレインボーカラーで出力したタンパク質は非常に美しく、通常論文の出力によく使われるMolscriptRaster3Dにも匹敵するといえよう。

PyMolの大きな特徴の一つが電子密度図を表示することが出来る点である。通常、電子密度図を表示するソフトとしては、Bobscriptが有名であるが、そもそもインストールの仕方からして分かりにくい。PyMolであれば非常に簡単に出力することができるので、電子見度図表示にもお勧めできる。このソフトでは、動画出力も対応しているので、美しい画像を動かすことも簡単である。電子密度図の表示の仕方及び、動画の出力方法について、本ホームページの姉妹ページであるprotessionalで解説しているので、是非、試してもらいたい。簡単に美しい画像が出力できることに驚くに違いない。

注意点として、Windowsにインストールする場合の注意点としては、ユーザー名に日本語を使用していると失敗するということだ。新しく英語名のユーザーをつくなどの対処をする必要がある。同じく、作成した画像を保存するときにも、パスに日本語が含まれる場所(デスクトップなど)に保存すると失敗するので、ハードディスクの直下などに作成するようにしたい。また、重ね合わせをした分子を表示しようとすると、勝手に場所が移動したりする現象も時々見られる。

このソフトは、基本的に美しさが売りであって、解析などの作業にはあまり向かない。解析をしたければ他のソフトを用いた方がいいだろう。

【 作者 】 DeLano Scientific LLC
【 URL 】 http://pymol.sourceforge.net/
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux  
【 ソフト種別 】 フリーソフト


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by tool_collector | 2005-06-08 20:02 | タンパク質
 
 
 
 
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