キーワードその他のジャンル
トップ

リンクはご自由に。

ご意見・批判などは谷澤英樹総合ホームページにて受け付けています。
 
<   2005年 06月 ( 11 )   > この月の画像一覧
COOT

タンパク質モデリングソフト

d0058690_20522579.gif基本的にはLinuxベースのOSで動くソフトで、実はWindows版は試していないのでWindows版がどうなのかは良く分からない。しかし、Linux版を試した感じではとても使いやすい。基本的にグラフィックの美しさは追求していないので解析専門ソフトと考えてよい。特徴的なのが、モデルを組むときにクリックして分子をつかむと、うにょ~っといった感じに電子密度図に合わせて移動していく動きだ。実際に見てみないとイメージが沸きにくいが、ゴムをひっぱるような感じでモデリングができるのだ。新しい感覚でおもしろい。画面の移動も非常に操作性がよく、マウスクリックで目的の残基に簡単に移動できる。これほど移動がしやすいソフトはなかなかないだろう。タンパク質の重ね合わせも簡単にできる。単に重ねあわせたい分子を読み込んでSPBボタンをクリックするだけだ。ちなみに重ね合わせは、アミノ酸の相同性を利用しているらしい。

【 作者 】 Paul Emsley
【 URL 】 http://www.chem.gla.ac.uk/~bernhard/coot/wincoot.html
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-22 21:03 | タンパク質
CCP4mg

高機能なタンパク質描画ソフト

d0058690_20225779.gif基本的にはタンパク質の描画ソフトと思っていい。ただし、通常のソフトに較べてかなり高機能な上に、かなり画像が美しい。最も特徴的な機能を3つ挙げるならば、まず電子密度図を表示できること、タンパク質の重ね合わせができること、アニメーションが作成できること、以上が挙げられる。タンパク質の重ね合わせは、アミノ酸配列の相同性を利用したものではなく、2次構造の相同性を利用しているので、結構本格的に使える。また、画像の出力についてだが、POVRAYのスクリプトファイルを出力することができるので、そのままでも美しいがさらに美しい画像を作成することもできる。ただし、POVRAYを出力するのは、ものすごい時間がかかる。また、スクリプトファイルは短いタンパク質であっても数百MBの大きさになるので、まともに出力しようとしたら1晩パソコンを動かしっぱなしなのを覚悟せねばならないだろう。

インストール方法は非常に簡単。Windows上でも、問題なくサクサク動いてくれる。チュートリアルが用意されているので、それを見ながら実行すれば、大体の操作は理解できる。ここでは、簡単にムービーの作成のポイントだけを紹介する。作成するムービーは回転するアニメーションとする。
ApplicationのMovieをクリックすればムービー作成画面が出る。initial viewのところはCurrentにして、final viewのところはApply rotation/transition..にする。後は、例えばXのRotationを360に設定する。で、Recordボタンをクリックすると、pngイメージが次々作成される。本当は、この後、Compileボタンをクリックすると、勝手にGifアニメーションになるはずなのだが、ImageMagicという画像ソフト(ImageMagicについてはこちらを参照)をインストールしていないと作成してくれない。しかも、Windows版のImageMagicではきちんと連携してくれないので、Gifアニメーションにする際には、ImageReadyを使うか、改めてImageMagicを起動してアニメーションにする必要がある。ちょっと、不備はあるものの、自由に動きを設定できるので非常に使い勝手はいい。

また、小技なのだが、いちいち深い階層のフォルダに行くのは大変なので、メニューのFileの下のProject Directoriesをクリックして、プロジェクトディレクトリーに、よく使うフォルダを登録しておくと、簡単に任意の階層にアクセスすることができるようになる。頻繁に使うフォルダがあるのなら登録しておくと便利だ。

今まで、簡単に使えて美しいソフトというとPyMOLが有力であったが、このソフトの登場により新しい選択肢ができたといってもいいだろう。

【 作者 】 CCP4 program
【 URL 】 http://www.ysbl.york.ac.uk/~ccp4mg/
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-22 20:41 | タンパク質
ImageMagick

高機能画像ソフト

d0058690_1943127.jpg非常に高機能でありながら、無料の画像ソフト。ただ、一般のソフトと違って操作がコマンドプロンプトなので、ちょっととっつきにくい感じはある。ただ、このソフトを使うと簡単にGifアニメーションが作成できるので、そのためだけに使ってもいいと思う。ちなみに、このソフト以外でGifアニメーションを作成できるソフトはImageReady(Photoshopにおまけでついてくるソフト)以外には知らない。ImageReadyは有料であるから、無料ソフトでは他にソフトがあるのだろうか?昔、Machintoshでは確かGif Builderというような名前のソフトがあったと思うが、著作権がどうのこうので、なくなってしまったと認識しているが・・。

Windowsでこのソフトをインストールする場合の、一番簡単な方法を説明する。まず、ここに行って、 ftp://ftp.imagemagick.org/pub/ImageMagick/binaries/この中にある、 ImageMagick-6.2.3-Q16-windows-static.exeをダウンロードする。(バージョンが変わっていたら、もちろん一番新しいバージョンのものにすればよい)そしたら、それをダブルクリックしてインストールすればよい。様々なインストール方法があるが、何も考えないでよいこの方法が一番楽だ。

次に、アニメーションを作成する方法を簡単に説明する。(先にアニメーションにしたい画像ファイルを連番で作成して1つのフォルダの中にすべて入れておくこと。例えば、sample1.jpg,sample2.jpg,sample3.jpg,sample4.jpg・・・というように名前をつけて保存する)
1.コマンドプロンプトを立ち上げる。
2.画像を保存していたフォルダに移動する。移動の仕方は、"cd 移動先"というようにコマンドを入力する。(もちろん移動先という部分に移動したいフォルダの名前を入力するという意味だ。)上の階層に移動するには"cd .. "とコマンドを打つ。ディレクトリ一覧を見るには"dir"コマンドだ。以上、超初歩のコマンドだけ紹介したが、詳しくは専門のサイトで見るべし。
3.以下のようなコマンドを入力する。
convert -delay 100 -loop 0 *.jpg animation.gif
意味を解説する。まず、-delayの後の100というのは、画像が切り替わるまでの時間を1/100(s)で指定したことになる。数字を換えることで長さを調節できる。-loopの後の0というのは繰り返しの回数。0の場合は無限回繰り返すという意味になる。1回で終わらせたい時には1を入力すればよい。その次の*.jpgは、アニメーションにしたい画像を指定している。ここで"*"の部分は何かの文字という意味なので、そのフォルダに含まれる拡張子がjpgである全てのファイルという意味になる。もし、拡張子がgifであれば"*.gif"と書けばよい。最後のanimation.gifという部分は、作成するGifアニメーションの名前になる。自分の好きな名前にすればいい。
4.しばらく待つと、Gifアニメーションが作成される。

その他にも、いろいろ機能があるのだが、やはりコマンドプロンプトで動作するという点から思った通りの効果を作るのは慣れないとなかなかやりにくい。しかし、慣れてくると様々なソフトと連携した動きをさせることができるので、非常に活用度は高いソフトだ。

【 作者 】 ImageMagick Studio LLC
【 URL 】 http://www.imagemagick.org/script/index.php
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Unix,VMS 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-22 19:22 | グラフィック
Devas v3.1

一括置換をするソフト

d0058690_1805679.gif複数のファイルの中から目的の文章を検索して、置換させることが出来るソフト。ホームページを手書きで書いていると、一度に書き換える時に非常に困る。書き換え忘れも発生するし、作業が非常に手間だ。そんな時に非常に役に立った。正規表現も使えるので便利だ。特に、書き換える時に改行が使えるというのは、レイアウトの観点から非常に好ましい。検索対象のファイルも拡張子などによって指定できるので目的のファイルだけを書き換えることができる。


【 作者 】 Gimite 市川
【 URL 】 http://village.infoweb.ne.jp/~fwhk9290/gimite/
【 対応OS 】 Windows Me/2000(/NT4/XP) 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 18:05 | 文章作成
FLASH MANIA v3.6

ホームページ上で見たFlashを保存する

d0058690_1747438.gifホームページ上で良いなって思うFlashがあっても、保存する仕方が良く分からない。そんな時、このソフトを使えば簡単に保存することができる。非常に操作は簡単なので、迷うことはないと思う。フラッシュといえば、以前に車の部品が次々とドミノ倒しで倒れていくフラッシュが印象的だった。あれは、どこの会社だったのだろうか?このソフトで保存しておけばよかった。

【 作者 】 The Ganymede
【 URL 】 http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se175326.html
【 対応OS 】  Windows 95/ 98/Me/2000/NT
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 17:54 | グラフィック
WinOnTop v2.0.01

任意のウィンドウを一番手前に表示させるソフト

d0058690_17365663.gif何かの文章を参照にしながら、新しい文章を書く時がある。そんな時に、書くソフトをクリックすると参照にしていた文章が見えなくなってしまってやりにくい思いをすることがある。そんな時に、このソフトを使うと便利だ。このソフトを立ち上げた後に、手前に持って来たいウィンドウをクリックすれば、そのウィンドウが常に手前に表示されるようになる。普段は、あまり使う機会の少ないソフトだが、時々役に立ってくれるソフトだ。

【 作者 】 Detlev Schaefer
【 URL 】 http://www.freewarehits.de
【 対応OS 】 Windows 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 17:39 | ユーティリティー
Free Macro! XP R.7

同じ操作を自動化させるソフト

d0058690_17224947.gifこのソフトは、Windowsで操作した動作を記憶させて、それを自動で何回も操作させるソフトである。似たようなソフトもあるが、このソフトは非常に操作方法が分かりやすい。単純に、記憶ボタンを押した後に、やりたい操作を実行。その後、実効ボタンをクリックすると先ほどした操作をそのまま実行してくれる。矢印が勝手に動いて操作していく様子を眺めていると不思議な感じがして、おもしろい。文字入力もできるので、ある程度いろいろ使える。マウスの動きを記憶しているようなので、ホームページを自動的に開くといった操作も可能で、応用範囲は広いと思う。

難点としては、記憶させた操作を忠実に再現するので、ウィンドウの位置などが少しでもずれていると、何もない部分をクリックしたりすることだ。したがって、あまりしっかりした目的には使えない気はするが、エンターテイメントとしてみるとかなり面白いソフトだと思う。

【 作者 】 町田収司
【 URL 】 http://hp.vector.co.jp/authors/VA010593/
【 対応OS 】 Windows XP 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 17:29 | ユーティリティー
取れたぬ君

改行コード削除ソフト

d0058690_17122384.gif改行コードを単純に取るのは簡単だが、すべての改行を取ってしまうと見にくくなってしまってかえって厄介だ。その点、このソフトでは、「本来の改行」のみを残して、整形用の改行コードだけを一括して取り除いてくれるため、目的の結果を得ることができる。

特に、僕はメールを保存する時に用いる。Webメールでは80文字などで改行が入ってしまうために、一度整形された文章を再利用する時には、いちいち改行を消していかなければならないので、非常に面倒だ。そこで、一度、文章を保存したあとにこのソフトにかけるのだ。すると、見事にWebメールで挿入された改行のみを消してくれる。動作は非常に軽く、あっという間に仕事をしてくれるのでお手軽に使える。

【 作者 】 川和利匡
【 URL 】 http://www.takuki.com
【 対応OS 】 Windows 
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 17:17 | 文章作成
CLCL Ver 1.1.0

クリップボードの履歴を取るソフト

d0058690_2045121.gifクリップボードの履歴をいくつも保存することが出来るソフト。それほど、目立つものでもないが、使ってみると非常に便利だ。まず、引用したい部分をあらかじめどんどんAlt+Cキーでコピーしていく。実際に文章を書く時に、AltキーとCでコピーした履歴を呼び出すことができるので、先に引用しておいた文章を次々ペーストしていくことができるわけだ。非常によく使うツールなので、パソコンのスタートアップに登録しておいて、パソコンが起動したときに、一緒にこのツールも起動させると便利だ。

【 作者 】 nakka
【 URL 】 http://www.nakka.com/
【 対応OS 】 Windows95, 98, Me, NT4.0, 2000, XP  
【 ソフト種別 】 フリーソフト

 
[PR]
by tool_collector | 2005-06-12 17:06 | ユーティリティー
PyMOL v0.98

非常に美しいタンパク質描画ソフト

d0058690_19435153.gifタンパク質描画ソフトは数多くあるが、美しくて操作の簡単なソフトと言われたら間違いなくこのソフトを挙げることができる。特にこのソフトのレインボーカラーで出力したタンパク質は非常に美しく、通常論文の出力によく使われるMolscriptRaster3Dにも匹敵するといえよう。

PyMolの大きな特徴の一つが電子密度図を表示することが出来る点である。通常、電子密度図を表示するソフトとしては、Bobscriptが有名であるが、そもそもインストールの仕方からして分かりにくい。PyMolであれば非常に簡単に出力することができるので、電子見度図表示にもお勧めできる。このソフトでは、動画出力も対応しているので、美しい画像を動かすことも簡単である。電子密度図の表示の仕方及び、動画の出力方法について、本ホームページの姉妹ページであるprotessionalで解説しているので、是非、試してもらいたい。簡単に美しい画像が出力できることに驚くに違いない。

注意点として、Windowsにインストールする場合の注意点としては、ユーザー名に日本語を使用していると失敗するということだ。新しく英語名のユーザーをつくなどの対処をする必要がある。同じく、作成した画像を保存するときにも、パスに日本語が含まれる場所(デスクトップなど)に保存すると失敗するので、ハードディスクの直下などに作成するようにしたい。また、重ね合わせをした分子を表示しようとすると、勝手に場所が移動したりする現象も時々見られる。

このソフトは、基本的に美しさが売りであって、解析などの作業にはあまり向かない。解析をしたければ他のソフトを用いた方がいいだろう。

【 作者 】 DeLano Scientific LLC
【 URL 】 http://pymol.sourceforge.net/
【 対応OS 】 Windows, Mac OSX, Linux  
【 ソフト種別 】 フリーソフト


[PR]
by tool_collector | 2005-06-08 20:02 | タンパク質
 
 
 
 
Copyright © 谷澤英樹 All Rights Reserved.