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Caver

活性部位までの穴を予測するソフト

d0058690_18303224.gif蛋白質の座標ファイル(PDBファイル)を渡して、開始地点を設定すると、その地点から蛋白質の外側までの道筋を探索してくれるソフト。単独でも動くが、PyMOLのプラグインとして利用できるため、美しいグラフィックを得ることができる。MDシミュレーションと組み合わせて、複数の座標を入力してやれば、結晶構造からは分からない隠れた穴を見つけることもできる。

【 作者 】 Petřek Martin, Otyepka Michal, Banáš Pavel, Damborský Jiří
【 URL 】 http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver/index.php
【 対応OS 】 Windows, Linux
【 ソフト種別 】 フリーソフト

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by tool_collector | 2006-12-25 18:34 | タンパク質
JabRef

文献を管理するソフト

d0058690_18194336.gif様々な文献を管理するソフト。ツール上で文献を検索することができるので、検索後は取り込みたい文献をチェックしてOKボタンを押すだけで自動的に取り込まれる。URLがあった場合には自動的に取り込まれる。また、ローカル上に保存したPDFとリンクすることもできるので、リンクをクリックすると文献が自動的に立ち上がる。日本語に対応しているので、自分のコメント等も保存することができる。出力もHTMLやTex形式など、論文用に様々な出力方法が用意されているので有用だ。このツールで優れているのが、プレビュー機能だ。各エントリーをクリックすると、下にプレビュー画面が出てくるが、この画面を自由にカスタマイズすることができるのだ。テンプレートはHTMLで作成されているため、慣れればそれほど難しくない。齋藤経史氏がホームページ上で自身がカスタマイズした設定を公開されているので利用することもできる(JabRefによるBibTeX文献管理とJab2HTML)。また、グループ機能も非常に便利だ。自分でグループを作ることもできて、その場合には、ドラッグ&ドロップで簡単にグループに振り分けできる。しかし、何より素晴らしいのは、自動的にグループを作成する機能の方だ。例えば、ターゲットにするフィールドをkeywordsにして、区切り文字を";"にしてグループの自動作成ボタンをクリックすると、キーワードごとに自動的に論文がグループ分けされる。日所に楽である。見た目の美しさや、カスタマイズ性は同様のツールの中でも群を抜いている。

Wordとの連携については、こちら

【 作者 】 mortenalver
【 URL 】 http://jabref.sourceforge.net/
【 対応OS 】 Windows, Linux and Mac OS X.
【 ソフト種別 】 フリーソフト

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by tool_collector | 2006-12-25 18:24 | データベース
 
 
 
 
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